Den 31. maj 2021 blev Barca og Sergio Agüero enig om en 2-årig kontrakt startende fra den 1. juli samme år. Men bare få måneder efter at han rent fysisk tog turen til Barcelona, måtte han en tur på hospitalet for derefter at stoppe karrieren.
Han debuterede for Barca den 17. oktober og i slutningen af oktober gik han i græsset i en kamp mod Alavés og blev siden kørt til hospitalet hvor han fik konstateret hjerteproblemer. Herefter var anbefalingen, at han skulle stoppe sin karriere hvilket han lyttede til og derfor takkede han lynhurtigt af i FC Barcelona.
Selvom han kun var i klubben i ganske få måneder, så fortæller han, at klubbens fans fik ham til at føle noget helt specielt og at hele oplevelsen i klubben føltes som om, at han havde været der i meget længere tid.
- Jeg var kun i Barca i tre måneder, men jeg sværger, at det føltes som 10 år. Den kærlighed, som klubbens fans gav mig var noget helt specielt og anderledes fra de øvrige klubber. Derfor har jeg et specielt bånd til klubben i dag, fortæller Agüero.